Semi-OFFTOPIC. Duda Unixtime stamp en php y mysql

Buenas compis, tengo una duda que me va a servir tanto para un proyecto que ya tengo funcionando como para solucionar este post de como actualizar un RTC online.

http://arduino.cc/forum/index.php/topic,99953.0.html

Resulta que no entiendo muy bien el tema del unixtimestamp.

Me gustaria saber cual es la correcta forma de trabajar con este valor y de almacenarlo en una tabla mysql por ejemplo.
Me refiero exclusivamente al tema de los usos horarios y verano/invierno.
cuando en php haces un time() te devuelve un numero que si lo meto en esta pagina para convertirlo me dicehttp://www.onlineconversion.com/unix_time.htm
Fri, 13 Apr 2012 15:04:43 GMT
en cambio ahora son las 17:04 es decir 2 horas mas tarde. si fuese inverno seria 1 hora mas tarde.

entonces como se debe guardar este valor en una tabla mysql ? como GMT y luego convertirlo a +2horas cuando lo lees?

me gustaria saber como lo hacen cuando dicho dato puede ser accedido desde varios puntos del planeta.

con esta solución puedo entender mejor como darle una solución correcta a mi proyecto y solucionar el post que menciono arriba.

muchas gracias y un saludo.