A chi può interessare, sono riuscito a programmare con successo degli atmega328p a 32 pin versione SMD senza bootloader e vergini usando avrdude come proposto da Michele.
All'inizio ho avuto problemi perchè mi diceva che il programmatore non era in sync, poi ho alimentato direttamente la scheda (senza prendere la tensione dal pin ISP di Arduino) e la programmazione è andata a buon fine.
Mi piacerebbe capire come fare ad usare programmatori AVR veri e propri (ne ho due) perchè quando li collego, la scheda non sembra dare segni di vita.
Per gli ADC6 e ADC7 non ho potuto ancora fare alcuna prova, forse ci riesco domani.