La strada da percorrere era proprio quella di modificare, anzi creare, una nuova voce nel file boards.txt.
Come sai, quel file è usato dall'IDE per caricare non solo le librerie del core adatte ai singoli micro (un Atmega328 è diverso da un Attiny85 ecc...) ma anche per fornire la base su cui preparare i parametri per avrdude, che sarà poi usato per programmare il micro. In effetti, l'IDE funge un po' da frontend perché non è l'IDE che compila e prepara il file .hex ma avr-gcc, e non è l'IDE che spedisce il file generato, ma è avrdude.
Allora cosa ho fatto?
Ho preso il file /arduino-00xx/hardware/arduino/boards.txt ed ho aggiunto il seguente codice:
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atmega.name=Atmega (w/ Arduino as ISP)
atmega.upload.protocol=stk500
atmega.upload.maximum_size=32256
atmega.upload.speed=115200
atmega.upload.using=arduino:arduinoisp
atmega.bootloader.low_fuses=0xff
atmega.bootloader.high_fuses=0xde
atmega.bootloader.extended_fuses=0x05
atmega.bootloader.path=optiboot
atmega.bootloader.file=optiboot_atmega328.hex
atmega.bootloader.unlock_bits=0x3F
atmega.bootloader.lock_bits=0x0F
atmega.build.mcu=atmega328p
atmega.build.f_cpu=16000000L
atmega.build.core=arduino
Puoi metterlo in qualsiasi punto di quel file, anche in fondo. Salvi il file e riapri l'IDE. Adesso in Tools/Boards avrai una nuova voce denominata "Atmega (w/ Arduino as ISP)": grazie ad essa puoi ora programmare un Atmega standalone!!!!
Come fare?
Ecco i punti:
- prendi una Arduino UNO, avvii l'IDE, scegli come board "Arduino Uno"
- ci carichi lo sketch "ArduinoISP"
- chiudi l'IDE e stacchi l'Arduino dal PC
- prendi una breadboard e prepari un circuito Arduino standalone come quello descritto qui nella foto in fondo alla pagina a DESTRA (usando quindi un quarzo esterno, 2 condensatori da 22 pF, ecc)
- colleghi i cavi per programmare l'Atmega sempre come indicato in quella figura, ossia i pin 13/12/11 di Arduino ai pin 19/18/17 ed il pin 10 di Arduino al pin 1 dell'Atmega. Collega poi un pin GND alla linea GND della breadboard, ma NON collegare i +5V
- collega l'Arduino al PC col cavetto USB
- apri l'IDE
- adesso metti il condensatore fra i pin RESET ed un pin GND di Arduino
- adesso collega il pin +5V alla linea +5V della breadboard
- carica nell'IDE uno sketch, va bene anche "Blink"
- scegli la scheda "Atmega (w/ Arduino as ISP)"
- fai l'upload!
Dopo pochi secondi vedrai che l'IDE ti dirà che è andato tutto a buon fine e che il LED sull'Arduino lampeggerà!
Non ti preoccupare, non è stato programmato l'Atmega dell'Arduino ma l'Atmega standalone!!! Il LED lampeggia perché il pin 13 è collegato ancora al pin 19 dell'Atmega standalone. Per riprova, scollega tutto, smonta il micro dell'Arduino e scambialo col micro standalone. Ridai tensione e vedrai che il LED integrato sull'Arduino continua a lampeggiare 
Adesso preparo un tutorial 